Unidades, química y convenciones

Los papers necesitan cantidades y fórmulas químicas con un formato consistente, no solo tipografiadas. ComdTeX incluye cuatro atajos para eso: si(), num(), unit() y ce(). Los escribes una vez y se renderizan de dos formas: en la vista previa del editor mediante KaTeX, y en la exportación a LaTeX como comandos reales de siunitx y mhchem, que es lo que las revistas realmente exigen.

Los atajos

Atajo	Vista previa	Exportación
si(9.81, m/s^2)	9.81 m s^-2 (unidades verticales)	\qty{9.81}{\meter\per\second\squared}
si(1.5(2), mol/L)	1.5(2) mol L^-1 (incertidumbre concisa)	\qty{1.5(2)}{\mole\per\litre}
num(6.022e23)	6.022 x 10^23	\num{6.022e23}
unit(mol/L)	mol L^-1	\si{\mole\per\litre}
ce(H2SO4)	renderizado por la extensión mhchem de KaTeX	\ce{H2SO4}

si() toma un valor y una unidad; num() toma un número suelto; unit() toma solo una expresión de unidad; ce() toma una fórmula química. La notación científica (6.022e23) y la incertidumbre entre paréntesis (1.5(2)) se entienden de forma nativa.

Tanto siunitx como mhchem se cargan solo cuando un documento realmente usa si()/num()/unit() o ce(). Los documentos que nunca tocan química o cantidades no pagan el costo de compilación, algo que importa porque las versiones recientes de mhchem no son gratis en tiempo de compilación.

Vocabulario de unidades

El analizador entiende un vocabulario cerrado, no texto arbitrario, de modo que un error tipográfico degrada con elegancia en lugar de adivinar.

Base del SI: m, s, kg, g, mol, K, A, cd

Derivadas del SI: Hz, N, Pa, J, W, C, V, F, ohm, S, T, H, lm, lx, Bq, Gy, Sv, kat, rad, sr

No-SI aceptadas: L/l (litro), t (tonelada), min, h, d, au, eV, u, Da, bar, percent, degC, degF, deg, arcmin, arcsec

Astronomía: pc, kpc, Mpc, ly, Msun, Lsun, Rsun, Jy, mag. siunitx no tiene macros para estas, así que viajan como texto vertical en la exportación en lugar de romperla.

Biología y química: M (molar), bp, kb, rpm, cfu, OD

Puedes combinar unidades con *, / y ^n para productos, divisiones y exponentes: mol/L, kg*m/s^2, W/m^2.

Prefijos del SI

El conjunto completo de prefijos del SI está soportado y se aplica a cualquier unidad conocida: q (quecto), r (ronto), y (yocto), z (zepto), a (atto), f (femto), p (pico), n (nano), u/µ/μ (micro), m (mili), c (centi), d/da (deca), h (hecto), k (kilo), M (mega), G (giga), T (tera), P (peta), E (exa), Z (zetta), Y (yotta), R (ronna), Q (quetta). Así, km, µmol y GHz se resuelven todos como prefijo más unidad base.

Una unidad desconocida nunca rompe la compilación

Si escribes una unidad que no está en el vocabulario, no lanza un error. Degrada a texto vertical: \text{} dentro del argumento de siunitx para la exportación, y el texto literal en la vista previa. Un error tipográfico en el nombre de una unidad es un problema estético, nunca un PDF roto.

Chequeo de convenciones tipográficas de biología

Las revistas biomédicas devuelven manuscritos por reglas tipográficas que casi nadie revisa a mano: los binomios taxonómicos deben ir en cursiva (Escherichia coli, E. coli), las especies se nombran completas antes de abreviarlas, y los símbolos de genes deben ir en cursiva mientras sus productos proteicos se mantienen verticales (TP53 el gen frente a p53 la proteína). Para ver todo el conjunto de herramientas de biología, consulta Biología computacional.

Actívalo por documento con frontmatter:

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comdtex.domain: biology
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También se aceptan microbiology, biomed y biomedicine. Una vez activado, el editor ADVIERTE sobre posibles violaciones y sugiere la forma en cursiva. Nunca reescribe tu texto automáticamente: una palabra como Bacillus puede ser un género o un apellido, y solo el autor lo sabe.

El chequeo es cuidadoso con dónde mira y qué marca:

• El código, las fórmulas, los enlaces y el texto que ya está en cursiva se ignoran, así que el chequeo nunca se dispara dentro de un bloque con comillas invertidas o de una fórmula.
• Las siglas comunes de laboratorio no se confunden con símbolos de genes. PCR, ELISA, DNA y una lista larga de abreviaturas similares (RNA, HPLC, NMR, WHO, FDA, ATP, entre otras) están excluidas a propósito, porque el patrón de un símbolo de gen (de 2 a 6 letras mayúsculas, seguidas opcionalmente de dígitos) las atraparía también.
• Los símbolos dentro de encabezados se omiten, ya que un encabezado suele ser el título de una sección, no una afirmación sobre un gen.

El resultado es una sugerencia, no una reescritura: tú decides si Bacillus se convierte en Bacillus o se queda como apellido.

Genes según el organismo

Las convenciones de genes cambian entre organismos: TP53 en humano, Trp53 en ratón y rata, tp53 en pez cebra. Indica el organismo junto al dominio y el chequeo sigue sus reglas:

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comdtex.domain: biology
comdtex.organism: mouse
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Los valores aceptados son human, mouse, rat, zebrafish, drosophila, yeast y bacteria. Un valor desconocido se ignora y sigue vigente el chequeo original, que no distingue organismos. comdtex.organism no hace nada sin comdtex.domain.

Organismo	Símbolo del gen (en cursiva)
humano (human)	*TP53*
ratón, rata (mouse, rat)	*Trp53*
pez cebra (zebrafish)	*tp53*
levadura (yeast)	*CDC28* (su proteína es Cdc28p, vertical)
bacterias (bacteria)	*lacZ* (su proteína es LacZ, vertical)

Con un organismo definido, el chequeo advierte sobre tres cosas:

• Un gen en cursiva con la capitalización equivocada, como *TRP53* en un paper de ratón.
• Una proteína escrita en cursiva, que se detecta en levadura (*Cdc28p*) y en bacterias (*LacZ*).
• Un gen que no está en cursiva.

El chequeo es más estrecho a propósito. Para humano, ratón, rata, pez cebra y levadura, un símbolo vertical solo se reporta cuando la oración lo llama gen (TP53 gene, Trp53 knockout, CDC28 promoter), porque una palabra vertical en mayúsculas suele ser una proteína o prosa normal. Los genes bacterianos (lacZ) tienen una forma inconfundible y se reportan sin esa pista. Las líneas que mencionan otro organismo o comparan varios (“TP53 humano y su ortólogo de ratón Trp53”) no se cuestionan, porque ambas grafías son correctas ahí mismo. En Drosophila no se revisan los símbolos de genes: provienen de fenotipos mutantes y nada en el texto permite identificarlos. Las palabras que sirven de pista (gene, allele, locus, promoter, mutant, knockout y similares) están en inglés, así que en un texto en español solo se detectan los genes bacterianos y los que acompañas con esas palabras.

Especies nombradas completas primero

Las revistas piden el binomio completo la primera vez que aparece una especie. El chequeo advierte cuando E. coli se usa antes de que aparezca Escherichia coli. Reporta solo el primer uso por especie, y solo cuando el nombre completo aparece después en el documento: si nunca aparece, quizá lo escribiste completo en otro lado. El texto en cursiva cuenta (la regla es sobre el orden, no sobre el estilo), y los encabezados pueden aportar el nombre completo pero nunca se reportan. La lista de géneros que conoce es corta y aburrida a propósito, para evitar falsas alarmas.

Correcciones rápidas

Con el cursor sobre un aviso, pulsa Ctrl+. (ver El editor) para aplicar la corrección como una sola edición que se puede deshacer:

• Poner en cursiva un binomio o un símbolo de gen. Con un organismo definido, el símbolo toma también la capitalización de ese organismo.
• Quitar la cursiva a un símbolo de proteína.
• Cambiar la capitalización de un gen en cursiva a la convención del organismo.

El aviso de abreviatura antes del nombre completo no tiene corrección rápida: tú decides qué mención reescribir. Nada se cambia automáticamente.

Números de acceso

Con comdtex.domain: biology, los números de acceso a bases de datos en la prosa se convierten en enlaces en la vista previa y en enlaces \href en la exportación a LaTeX:

Base de datos	Ejemplos
GenBank, ENA, DDBJ	MN908947.3, AB123456
RefSeq	NM_000546.6, NP_000537.3, NC_000017.11
Corridas y proyectos de SRA, ENA, DDBJ	SRR1234567, ERR1234567, PRJEB12345
BioProject, BioSample	PRJNA123456, SAMN12345678
GEO, ArrayExpress	GSE12345, E-MTAB-1234
Ensembl	ENSG00000141510, ENSMUSG00000059552 (la versión se quita del enlace)
PDB, UniProt	PDB 1ABC, UniProt P04637

Cada identificador enlaza a la página de la base de datos que lo emitió (NCBI, EBI, RCSB, UniProt, Ensembl). La detección prefiere la precisión sobre la cobertura, porque un enlace que no lleva a ningún lado hace que los lectores desconfíen de los demás:

• Un código PDB suelto (1ABC) o un acceso UniProt suelto (P04637) nunca se enlaza. Necesita el nombre de la base de datos delante: PDB 1ABC, UniProt P04637. Solo el código se convierte en enlace.
• Se exige la forma exacta en mayúsculas, con un límite limpio a ambos lados. Un nombre pegado a una palabra, una ruta o un usuario (file_SRR1234567, @GSE12345) no coincide.
• El código, las fórmulas, los enlaces existentes y los encabezados se dejan tal cual, y tu archivo nunca se modifica: el enlace existe solo en la vista previa y en la exportación.
• Los DOI, incluidos los de Zenodo, no son números de acceso y se dejan como están.

Nota de disponibilidad de datos

Muchas revistas exigen una declaración de disponibilidad de datos. En un documento de biología que no tiene esa sección, el editor muestra una nota informativa (no un aviso) cuando se cumple alguna de estas condiciones, y señala la primera que encuentra:

1. El texto cita un número de acceso.
2. Menciona datos de secuenciación (FASTQ, RNA-seq, ChIP-seq, “raw reads” y similares, en inglés o en español).
3. Tiene un encabezado de Referencias o Bibliografía, lo que sugiere un paper.

Una nota corta sin ninguna de estas señales se queda en silencio. La nota desaparece cuando el documento tiene un encabezado o un título en negrita dentro del párrafo como ## Data availability, ## Availability of data and materials, **Data availability.** o ## Disponibilidad de datos.

Números de tu análisis

val() trae valores de archivos de resultados CSV o JSON a las unidades y a la prosa: si(val(stats, effect, 3sf), mg/L). Ver Tablas desde datos.

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comdtex.domain: biology
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comdtex.domain: biology
comdtex.organism: mouse
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